Hän on toiminut vuodesta 2013 mediakulttuurin yliopistonlehtorina Viestinnän, median ja teatterin yksikössä (CMT).

Alkuvuoden 2016 Nikunen työskentelee vierailevana professorina Tulanen yliopistossa New Orleansissa Yhdysvalloissa.

Nikunen määrittelee tutkimustyönsä keskeiseksi kysymyksesi, kuinka media vaikuttaa siihen, miten yleisö suhtautuu sosiaalisiin ja poliittisiin kysymyksiin ja kuinka tämä ohjaa yleisön käsitystä omasta roolistaan ja vastuustaan poliittisena toimijana esimerkiksi marginalisaation ja kärsimyksen kysymyksissä.

Nikunen tutkii muun muassa humanitarismia ja solidaarisuutta muuttuvassa mediaympäristössä, sosiaalisen median käytäntöjä ja vieraanvaraisuuden journalismia. Tutkimusalueeseen kuuluu myös eurooppalaisen pakolaispolitiikan, maantieteellisen mielikuvituksen ja paikan politiikan etnografinen tutkimus Välimeren rannikolla Etelä-Italiassa.

Kauhavalla syntynyt Nikunen on suorittanut akateemiset opintonsa Tampereen yliopistossa. Vuoden 2015 hän hoiti journalistiikan professuuria Jyväskylän yliopistossa ja vuoden 2014 mediakulttuurin professuuria Tampereen yliopistossa. Aiemmin hän työskenteli yliopistotutkijana ja tutkijatohtorina CMT:n tutkimuskeskus COMETissa. Nikunen on ollut myös vierailevana tutkijana Lontoon ja Stanfordin yliopistoissa.

Ennen tutkijaksi siirtymistään Nikunen työskenteli yli vuosikymmenen ajan toimittajana muun muassa Helsingin Sanomissa, Yleisradiossa ja Aamulehdessä.