Ekman on työskennellyt Centrum Balticum -säätiössä kehitysjohtajana 1.3.2013 lähtien. Vuosina 2008–2011 hän työskenteli ympäristöministeri Paula Lehtomäen erityisavustajana ja sitä ennen vuosina 2007–2008 ympäristöministeri Kimmo Tiilikaisen erityisavustajana.

Ekmanilla on kokemusta myös Tiedepolitiikkalehden toimitussihteerin tehtävistä (2007–2009) sekä kansanedustajan avustajana toimimisesta (2005–2007).

Hanna Ekman aloittaa uudessa tehtävässään 3.8.2015.