Werner-Autio on aloittanut työuransa MTV Oy:ssä nuoriso-ohjelma Jyrkin markkinointitehtävissä 1996. Vuonna 1997 hän siirtyi kanadalaisen Chum Televisionin ohjelmamyynnin päälliköksi ja vuonna 1999 MTV Oy:n omistaman tuotantoyhtiön Funny-Filmsin toimitusjohtajaksi. Vuosina 2001 – 2003 hän toimi kaapelikanava Moontv:n toimitusjohtajana.