Tuolloin solmiokolmikon huumorin ystävät saavat korvilleen virallisen ohjelman numero 740.
Tunnetun maailmankaikkeuden ensimmäinen alivaltiosihteeri-ohjelma kajahti radioaalloille Radiomafiassa kesäkuussa 1990. Alun perin ajatuksen Alivaltiosihteeri-nimisen ohjelman tekemisestä esitti Radiomafian silloinen musiikkipäällikkö Jukka Haarma. Hän ehdotti tamperelaiselle rock- ja käsitetaideyhtye Alivaltiosihteerille, että sen jäsenet ”alkaisivat tehdä radio-ohjelmaa, jonka nimi voisi olla vaikkapa Alivaltiosihteeri, Suomen virallinen ohjelma”. Kolme neljäsosaa yhtyeestä vastasi kyllä.
Ensimmäisen ohjelman jälkeen rillitrio Simo Frangén, Pasi Heikura ja Jyrki Liikka on käsikirjoittanut ja artikuloinut uuden Alivaltiosihteeri-ohjelman joka viikko. Ohjelma oli Radiomafian kuunnelluimpia ohjelmia koko kanavan olemassaolon ajan. Vuodesta 2003 Alivaltiosihteeri on kaikunut Radio Suomessa (sunnuntaisin klo 15) ja YleQ:ssa (torstaisin klo 10 ja 20).
Vuonna 2004 tehdyn tunnettavuustutkimuksen mukaan Alivaltiosihteeri on Yleisradion tunnetuin radio-ohjelma. Ohjelma on tullut kuuluisaksi mm. viikon virallisista palindromeista, valtakunnantoimittaja Eino-Mies Porkka-Kosken puhelinraporteista ja siitä, että joka viikko ohjelmassa kuullaan yksi Neil Youngin kappale (vuosina 1990-1993 vakioartisti oli AC/DC). Ohjelman kulmakiviä ovat myös pureva ajankohtaissatiiri ja suomalaisen pakinaperinteen ketterä jatkaminen ja uudistaminen.
Huolellisesti käsikirjoitetun radio-ohjelman hupailut saivat kirjallisen muodon ensimmäistä kertaa vuonna 1996. Tuolloin ilmestynyt Virallinen kirja (Otava) aloitti vuosittaisen sarjan kirjoja, jotka ovat usein olleet vuoden myydyimpien teosten joukossa. Elokuussa ilmestyy kirjasarjan kymmenes osa.
Vuonna 1994 Studio 10 palkitsi Alivaltiosihteeri-ohjelman radion parhaana viihdeohjelmana.
Alivaltiosihteerin rillipöllöt viettävät juhlapäiväänsä työn merkeissä. Heinä-elokuussa radiovastaanottimia hemmotellaan kuuden viikon ajan Alivaltiosihteerin 15-vuotisjuhlasarjalla, jossa kuullaan hilpeimpiä radioremellyksiä vuosien varrelta.